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远东国际法庭的判决书上写道：“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了（由红十字会掩埋的是43071人，由崇善堂收埋的是112266人，这些数字是由这两个团体的负责人根据各该团体当时的记录和档案向远东法庭郑重提出的）。”法官之一的梅汝璈指出，对于南京大屠杀一案“花了差不多三个星期的工夫专事听取来自中国、亲历目睹的中外证人（人数在十名以上）的口头证言，及检查和被告律师双方的对质辩难，接受了一百件以上的书面证词和有关文件，并且鞫讯了松井石根本人”，“审理是特别严肃认真的”。松井石根听取了法庭宣布的罪状和科刑后，表示“南京事件，可耻之极”。法庭判决书中遂有郑重声明：“这个数字还没有将被日军所烧毁了的尸体，以及投入到长江或以其他方法处死的人们计算在内。”值得注意的是：远东国际法庭认定被杀害者为二十万人以上，未包括尸体被日军消灭了的被害者在内，而且这个数字仅是“在日军占领后六个星期内”的。

东京审判中，因为南京大屠杀而判罪者仅有身为乙丙级战犯的松井石根，罪状是未阻止南京大屠杀的进行；不过在南京军事法庭方面的审判则起诉了包括百人斩见报的向井敏明、野田毅以及南京大屠杀时期担任第六师团师团长的谷寿夫等人并判决死刑。