设备区
是净化空调系统，公用动力系统等用房，这部分是洁净厂房的重要组成部分。目前在洁净厂房设计中常常将净化设备、供冷供热（不含锅炉房）设备和水、电设施布置在洁净厂房中，这样既方便管理，又可减少管线长度。
洁净生产区
是洁净厂房主要部分，洁净生产区的空气洁净度等级根据产品生产工艺要求确定，这是洁净建筑厂房设计的主要依据，客户除提供基本图纸外，另需提供所生产产品的各种设计条件，如：温度、湿度、气流流形要求，生产所需原辅助料性质和水、电、气的要求。
洁净辅助车间
是洁净厂房不可缺少的必备房间，这些间的空气洁净度等级除了按客户要求进行设计外，都按照《洁净厂房设计规范》GB50073-2001的规定进行设计。
管理区
是洁净厂房内生产过程中的管理及技术管理用房和必要的操作人员的休息、福利用房
洁净室的设计
布置洁净厂房内的洁净生产间及相关设施有洁净生产间、洁净空间辅助间、管理区、公用动力设备等。在布置洁净室时，力求做到平面形状简洁，功能区分明确，管线隐蔽：合理安排，布置生产洁净区、人员净化、物料净化、工艺设备及相应物料供应管理线，净化空调系统和各种公用动力设施及其管线等。
洁净室的构造及装配、装饰
洁净室的外在维护结构门窗、墙板、吊顶、高效过滤器、灯孔灯具等方面充分考虑其保温、隔热、防火、防潮、密闭性能好等要求，一般选用优质彩钢板夹心板作为墙板、吊顶板材料，不产尘、无裂痕、可擦洗、耐潮湿、板缝平整、密封、压缝条平直、缝隙小：地面则根据客户要求选择水磨石地面、环氧树脂地面、粘贴地板、通风地板等。力求做到耐磨、耐冲击、耐火、耐腐蚀性能好，不易产生静电、表面不易附尘粒等
洁净厂房的施工安装
由于洁净厂房的用途不同，洁净室内生产的产品品种不同，要求的空气洁净等级不同，因此各种洁净厂房的工程施工内容存在一定的差异，但各类洁净厂房的施工项目基本包含洁净室建筑装饰、净化空调系统、电气照明系统、消防安全系统等。光电、精密机械等行业用洁净厂房的施工内容主要有：洁净室建筑装饰，净化空调系统及其风管、电气系统及其桥架，配管配线的安装等。