运输发票增值税抵扣管理试行办法主要在以下几个方面作了规定： 一是增加了增值税纳税申报的附列资料。办法规定增值税一般纳税人取得用于进项抵扣的运输发票时，应当填写《增值税运输发票抵扣清单》，并在进行增值税纳税申报时，一并报送该表（包括纸质报表和电子数据）。未报送该表的，纳税人的运费支出将不得用于进项抵扣。此外，税务机关将对纳税人上报的《增值税运输发票抵扣清单》“合计栏”中填列的“允许计算抵扣的运费金额”和“计算抵扣的进项税额”与《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“7扣除率”的“金额、税额”项数据进行核对，如不一致，将退回纳税人重新申报。 二是明确了运输发票的抵扣时限。即纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票必须在2004年1月31日前抵扣完毕，逾期不再准予抵扣。 三是明确了运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。 四是明确了纳税人取得计算抵扣进项税额的运输发票是指：（一）纳税人外购货物（固定资产除外）支付运输费用而取得的运费结算单据；（二）纳税人销售应税货物而支付运输费用所取得的运费结算单据（《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十二条所规定的不并入销售额的代垫运费除外）。